تتسم عمليات هيئة كير– مصر بطابع اللامركزية لتشمل ستة مكاتب ميدانية تنتشر فى أنحاء صعيد مصر، فى محافظات قنا، وسوهاج، وأسيوط، والمنيا، وبنى سويف، والفيوم. ويقدم المكتب المركزى للهيئة - ومقره القاهرة – الدعم والإشراف على المكاتب الميدانية، ويسهل تبادل المعلومات، وتحسين البرامج، والدروس المستفادة فيما بين المشروعات، والمكاتب الميدانية، والمكاتب الحكومية المناظرة. ويقدم مكتب الهيئة بالقاهرة الدعم للمكاتب الميدانية فى مجال الإدارة والمحاسبة المالية، والتنظيم وإدارة العمليات،      إدارة وتنمية الموارد البشرية، والمراجعة الحسابية، وإدارة نظم المعلومات، والمشتريات.